No termo da freguesia de Custóias do Douro - escrevem A. Sá Coixão e António Trabulo - desconhecemos a existência de qualquer povoado pré-histórico. Apenas no lugar do Gabriel (referenciado, para a Carta Arqueológica do Concelho, como Gabriel II), detectámos a presença, num muro junto ao caminho, de um «moinho manual de rolo», em granito, semelhante aos que se têm exumado e inventariado nos povoados do Calcolítico e Bronze referenciados já nesta área (Concelho). Alguns historiadores têm citado o «Monte do Viso» como provável povoado ou atalaia da pré-história. Nas batidas já efectuadas não conseguimos detectar vestígios que tal nos atestem!"
Ainda segundo os mesmos historiadores, esta freguesia deve ter começado por ser uma «custodiae» ou aquartelamento de tropas, pois o topónimo «Custóias» aparece sempre ligado a lugares de defesa, servindo como elemento de identificação de castelos e cercas medievais.
"Dos primeiros séculos da nossa era (Romanização) ficaram-nos alguns vestígios em «terras de Custóias». - continuam os mesmos historiadores -.Inventariamos, com tais vestígios: Gabriel I; Vale da Lameira I e II; Silvã e Senhora da Graça. No Vale da Lameira foram recolhidos fragmentos cerâmicos com grafitos; na Senhora da Graça foi detectado um lagar de vinho e recolhidos materiais cerâmicos e líticos; no Gabriel existem ainda muitos vestígios do que teria sido uma «Villa Romana».
No período pós-romano e durante o paleo-cristão deve ter-se transformado numa das muitas comunidades cristãs que por aqui nasceram e existiram. O próprio nome do padroeiro -S. João Baptista - é por si só um indício de estarmos perante uma comunidade pré-nacional. Vestígios medievais podemos ainda encontrá-los, com abundância, na zona da Capela de Nossa Senhora da Graça, hoje em ruínas, notando-se na arquitectura da mesma uma bonita traça românica. Pena é que fosse votada a tal abandono de maneira a que, num tempo não muito longo, possa vir a ser reduzida a um simples «montão de destroços»!
No século XII, o foral de Numão, ao traçar os limites do concelho, serve-se do cabeço de Custóias como fronteira, o mesmo sucedendo com o foral do concelho limítrofe de Penela.
Custóias, nos princípios do século XIV, era paróquia anexa à da igreja de Numão, tendo-a D. Dinis cedido à Mitra lamecense, em 1 de Janeiro de 1302, com todos os seus rendimentos, exceptuando apenas a terça do Bispo.
No século XVI, o recenseamento de 1527, mandado fazer por D. João III, atribui-lhe uma população de 27 moradores.
A igreja primitiva deve ter desaparecido ao longo deste século, princípios do seguinte, sendo a actual, pelas suas características arquitectónicas, datada dos séculos XVII-XVIII. Da primitiva restou, aparentemente, uma Cruz de Latão que Pinto Ferreira estudou, identificando-a como sendo dos séculos XV-XVI.
Em 1844, o termo de Custóias seguia a divisão do termo de Numão por ordem inversa desde o Douro pelo Ribeiro de Vale de Moninho até à Cruz do Monte Agudo e daí Rodeira das Titaranhas acima até ao termo da Pesqueira.
Custóias registou também ao longo dos tempos um aumento populacional contínuo, com excepção das primeiras décadas do século XVIII e da década de sessenta do nosso. Aliás, Custóias deve ter sido a freguesia onde se verificou, em termos relativos, o maior surto migratório do concelho. De 625 habitantes em 1960, restavam 325 dez anos depois!
Vale a pena citar dois excertos da obra «O Antigo Concelho de Freixo de Numão» da autoria do falecido Dr. Pinto Ferreira:
1 -«...Como elemento mais largamente informativo sobre a devoção a Nossa Senhora do Viso, regista-se a seguinte notícia: Na segunda-feira de Páscoa de 1834, foi a imagem da Virgem removida, com grande pompa, para a Igreja Matriz. Os de Numão vieram sair ao caminho, para tirarem a imagem. Houve então grande desordem, vencendo os de Custóias, tendo os agressores de retirar-se, com bastantes feridos...»
2 - «0 linho mourisco, mais grosseiro mas mais resistente do que o chamado linho galego, cultivou-se até há poucos anos no termo de Custóias. A cultura destes dois tipos de linho é diferente. O mourisco é semeado na 1ª semana de Outubro, dizendo o ditado popular: 'no dia de S. Francisco semeia cevada e linho mourisco', enquanto que o outro é semeado na Primavera, não é regado e é menos exigente, em relação ao terreno. Aqui se preparava e tecia, sendo muito usado outrora para fazer ceroulas, que no verão serviam de calças, e para camisas de homens e mulheres...»
António N. Sá Coixão e António R. Trabulo, Por Terras do concelho de Foz Côa - Susídios para a sua História - Estudo e Inventário do seu Património, Vila Nova de Foz Côa, Câmara Municipal de Vila Nova de Foz Côa, 2ª edição - 1999.